#bioinformatics #k-mer #metagenomics #estimation #genomic #numbers #abundance

bin+lib bracken

基于Rust实现的Bracken库,用于增强基于k-mer的基因组丰度估计

1个不稳定版本

0.1.0 2024年8月21日

#303 in 神奇豆子

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MIT 许可证

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Bracken-rust

0.安装说明

要安装bracken-rust,请按照以下步骤操作

  1. 下载适合您系统的版本

导航到bracken-rust GitHub仓库的发布页面。选择适合您的操作系统的版本。例如,如果您使用的是CentOS 7,请下载bracken-rust-${VERSION}-centos7.tar.gz,其中${VERSION}是要安装的版本的版本号。

  1. 解压下载的压缩包

打开终端。使用tar命令从压缩包中提取文件

tar -xvf bracken-rust-${VERSION}-centos7.tar.gz

1. 开始使用

$ ./bracken -h
Usage: bracken <COMMAND>

Commands:
  kmer2read-distr  bracken kmer2read_distr
  kmer-distrib     Evaluates genome read distribution and estimates reads per species for specific taxonomy IDs.
  est-abundance    Estimates species or genus level abundance from Kraken outputs using Bayesian methods.
  help             Print this message or the help of the given subcommand(s)

Options:
  -h, --help     Print help
  -V, --version  Print version

依赖项

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~117K SLoC