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› 关键词 #生物信息学 #k-mer #命令行工具 #文件格式 #cli #测序

基因学

  1. google-genomics1

    一个用于与基因学（协议v1）交互的完整库

    v5.0.5+20210324 2.2K #基因学 #google #google-api #协议 #web #web-api #web服务

  2. lightmotif

    一个轻量级的平台加速库，用于使用位置权重矩阵进行生物基序扫描

    v0.8.0 460 #矩阵 #基序 #生物信息学 #基因学 #pssm

  3. google-genomics1-cli

    一个用于与基因学（协议v1）交互的完整库

    v5.0.4+20210324 480 #google-api #基因学 #google #cli #命令行界面

  4. atg

    在不同文件格式之间转换转录本

    v0.8.6 #文件格式 #转录本 #生物信息学 #基因学 #遗传 #注释 #转录组学

  5. bed-reader

    简单高效地读取和写入PLINK BED格式

    v1.0.5 170 #生物信息学 #基因学 #plink #读写 #基因型 #文件读取 #SNPs

  6. bio-seq

    位打包且类型良好的生物序列

    v0.13.0 #k-mer #dna #序列 #生物信息学 #基因学 #kmer #数据编码

  7. atglib

    处理基因学和转录组学中的转录本

    v0.2.3 110 #文件格式 #转录本 #生物信息学 #基因学 #遗传 #转录组学 #格式转换

  8. sourmash

    用于使用k-mer草图比较生物序列的工具

    v0.15.1 500 #生物信息学 #min-hash #草图 #数据 #基因学 #k-mer #序列

  9. fqtk

    用于处理FASTQ文件的工具包

    v0.3.1 130 #生物信息学 #基因组 #基因学 #命令行 #txt文件

  10. kmerutils

    k-mer计数、哈希、序列草图

    v0.0.11 #k-mer #kmer #基因学 #bloom过滤器 #哈希 #草图 #文件服务器

  11. pipspeak

    将PIPSeq文件转换为10X Genomics兼容的FASTQ文件

    v0.1.9 #genomics #file-format #bioinformatics #10x #command-line-tool #pipseq #write-file

  12. segul

    一个超快速且内存高效的系统发育基因组学工具

    v0.22.1 350 #genomics #sequence-alignment #utility #command-line-tool #phylogenomics #alignment #cli

  13. tidk

    寻找基因组中端粒重复的工具包

    v0.2.41 #repeat #telomeric #genomics #telomere

  14. diced

    对MinCED算法进行重实现，用于在全基因组或组装基因组中识别CRISPRs

    v0.1.1 #crispr #repeat #bioinformatics #genomics

  15. ska

    分割k-mer分析

    v0.3.10 170 #k-mer #bioinformatics #sequencing #genomics #alignment

  16. gia

    基因组区间集合的集合论运算

    v0.2.23 #interval-set #genomics #interval #set #bioinformatics #bed #command-line-tool

  17. ebiotic

    与常见的生物信息学网络服务进行交互

    v0.0.26 750 #web-services #bioinformatics #ncbi #ebi #genomics #biology #web-api

  18. genomap

    一个小型库，用于存储按染色体索引的通用基因组数据

    v0.2.6 #bioinformatics #genomics #compbio

  19. hyper-gen

    HyperGen是一个高性能的Rust库，可以将基因组文件绘制成超向量，并实现快速的平均核苷酸身份（ANI）近似

    v0.2.2 130 #sketch #vector #nucleotide #average #identity #approximation #genomics

  20. bio-streams

    流式生物信息学数据类型

    v0.3.1 #bioinformatics #fasta #fastq #genomics #data-streaming #data-stream

  21. recmap

    在Rust中读取和使用重组图谱

    v0.3.5 230 #bioinformatics #genomics #command-line-tool #compbio

  22. slow5

    与slow5交互

    v0.11.0 #bioinformatics #sequencing #nanopore #genomics #signal #file #record

  23. granges

    基因组范围操作的命令行工具

    v0.2.2 #生物信息学 #区间树 #基因组学 #数据处理 #命令行工具 #数据分析 #计算生物学

  24. ehxacto

    从ExpansionHunter denovo识别的近似区域中查找精确串联重复坐标

    v0.1.0 #基因组学 #生物信息学 #串联重复

  25. ullar

    高性能、易于使用的系统发育基因组学流程

    v0.1.0 #流程 #基因组学 #系统发育基因组学 #实用工具 #命令行工具 #cli

  26. ambigviz

    从BAM文件中识别并绘制指定位置的模糊核苷酸碱基

    v0.1.0 #bam #生物学 #基因组学 #生物信息学 #可视化

  27. fgoxide

    用于编写命令行/文件处理工具的实用/QoL代码

    v0.4.0 #实用工具 #文件 #项目 #处理 #基因组学 #命令行 #迭代器

  28. seqkmer

    序列k-mer

    v0.1.0 140 #k-mer #序列 #生物信息学 #dna #基因组学

  29. fmlrc

    FM索引长读序列校正器 - Rust实现

    v0.1.8 #纠错 #读取 #长读 #基因组学 #bwt #fm-index #原始

  30. genomicsqlite

    SQLite基因组扩展

    v0.9.4 #基因组学 #sqlite扩展 #生物信息学 #测序 #github #指南 #编程

  31. msbwt2

    多字符串BWT查询库

    v0.3.2 #bwt #查询 #msbwt #查询 #多字符串 #基因组学 #下一代测序

  32. nthash

    对DNA序列中的所有可能的k-mer进行散列的滚动哈希函数

    v0.5.1 #生物信息学 #哈希 #滚动 #哈希 #序列 #基因组学 #k-mer

  33. chainfile

    处理基因组chain文件

    v0.2.1 #基因组学 #chain #功能

  34. simplr

    增强执行上下文以简化长读转录组分析

    v0.1.0 #生物信息学 #基因组学 #长读 #rna-seq

  35. guide-counter

    为CRISPR筛选提供快速准确的引导计数

    v0.1.3 #crispr #生物信息学 #基因组 #基因组学 #输入输出

  36. goat-cli

    查询生命树中任何物种的元数据

    v0.2.5 #基因组 #树 #基因组学 #ncbi #命令行界面 #goat #查询字符串

  37. cgt_bacpop

    在泛基因组数据中标记核心和稀有基因

    v0.1.0 #genomics #bioinformatics #sequencing #pangenome

  38. libprosic

    使用潜在变量模型调用基因组变异

    v0.7.3 #model #variant #variables #calling #genomics #cell #events

  39. bird_tool_utils

    微生物基因组实用函数

    v0.5.0 #genomics #utility #microbial #functions #bird

  40. rumi

    通过方向邻接进行PCR去重

    v0.2.1 #bioinformatics #genomics #dedup #umi

  41. scispeak

    将Sci-RNA-Seq3文件转换为10X Genomics兼容的FASTQ文件

    v0.1.0 #genomics #bioinformatics #10x #sciseq #write-file #log-file #cli

  42. google-genomics1_beta2

    与基因组交互的完整库（协议v1beta2）

    v0.1.8+20150326 #google-api #genomics #google #protocols #api #web-api #web

  43. spdi

    描述基因组变异的格式。此库提供获取变异的SPDI格式表示的库以及将SPDI格式输出添加到输入VCF文件的命令行实用程序。

    v0.1.3 #vcf #genomics #bioinformatics #command-line-tool #file-path

  44. blobtk

    BlobToolKit的核心实用程序

    v0.5.3 #bioinformatics #genomics #genome #blobtoolkit #python-bindings #command-line-utilities #file-format

  45. readfish-tools

    分析适应性采样数据的工具

    v0.1.0 #analysis #genomics #data-analysis #nanopore #adaptive-sampling

  46. gtfjson

    将GTF文件转换为换行符分隔的JSON

    v0.1.6 #gtf #json-parser #bioinformatics #json #genomics #parser #file-format

  47. grangers

    处理基因组范围和注释

    v0.4.0 #range #genomics #gtf-gff #genes #genome-annotation #gene

  48. fasta_windows

    从fasta文件中快速生成窗口统计数据

    v0.2.4 #fasta #genomics #windows #array

  49. myte

    系统发育基因组树构建

    v0.6.4 #phylogenetic #genomics #utility #command-line-tool #phylogenomics #phylogenetics #cli

  50. seqcol_rs

    在rust中实现seqcol

    v0.1.1 #genomics #provenance #seqcol

  51. 基因组区间管道

    用于从基因组区间创建HDF5数据库的管道

    v0.1.3 #hdf5 #genomics #intervals #genetic #keras #interval

  52. rsrs

    命令行工具，用于计算seqcol对象和摘要

    v0.1.0 #provenance #genomics #seqcol #command-line-tool

  53. 核苷酸

    低级别砖块库，用于将核苷酸作为代码中的数据进行管理

    v1.1.0 #genomics #dna #data #low-level #nucleobase #convert #brick

  54. bedblocks

    将BED文件拆分为块

    v0.1.0 #bed #blocks #split #genomics #distance #file #length

  55. vcf_add_ids

    向VCF记录添加ID

    v0.1.1 #vcf #genomics #id #records #processing #ids #sha-1

    56. 尝试使用DuckDuckGo进行搜索。搜索.

  56. gkl

    基因组内核库

    v0.1.1 #genomics #kernel #bindings #forward #alignment #avx #avx2

  57. splici

    生成用于序列对齐的拼接和非拼接参考转录本

    v0.1.1 #bioinformatics #genomics #single-cell #splicing #sequence-alignment

  58. roers

    为单细胞RNA-seq分析准备增强注释

    v0.3.0 #genomics #gtf-gff #augmented-reference #splici #sc-rna-seq

  59. gene-extractor

    使用参考fasta文件从基因组连续片段中提取多个基因

    v0.1.0 #genomics #phylogenetic #utility #phylogenomics #command-line-tool #cli #phylogenetics

  60. binstat

    按块统计基因组数据

    v0.0.1 #stats #bin #gc #bam #fa #genomics #data