gene-extractor

一个命令行应用，用于从基因组连续序列中提取基因。程序需要 phyluce 及其依赖项才能运行。未来的更新可能将直接与 Lastz、BWA-MEM 或两者都交互。

安装

genx 是一个单独的可执行命令行应用。可执行文件将在发布 链接 中可用。将其复制到您的 PATH 变量中注册的文件夹。

您也可以使用 Rust 软件包管理器 cargo 安装此应用。

cargo install genx

操作系统支持

1. MacOS
2. Linux
3. Windows-WSL

依赖项

Phyluce 及其依赖项 (在此安装)。

用法

子命令选项

USAGE:
    genx <SUBCOMMAND>

FLAGS:
    -h, --help       Prints help information
    -V, --version    Prints version information

SUBCOMMANDS:
    check      Check dependencies
    extract    Batch gene tree estimation using IQ-Tree
    help       Prints this message or the help of the given subcommand(s)

命令选项提取基因

USAGE:
    genx extract --dir <PATH> --output <PATH> --refs <PATH>

FLAGS:
    -h, --help       Prints help information
    -V, --version    Prints version information

OPTIONS:
    -d, --dir <PATH>       Path to contig directory
    -o, --output <PATH>    Path to output files
    -r, --refs <PATH>      Path to reference fasta files