SEGUL

SEGUL 是一个用于处理系统发育基因组数据集的超快、内存高效的程序。它可作为独立的、无依赖性的命令行、GUI 应用程序（称为 SEGUI）以及 Rust 和其他编程语言的库/包。它可以在您的智能手机到高性能计算机（见下方的平台支持）上运行。它是安全的、多线程的，并且易于使用。

它旨在处理大型基因组数据集的操作，同时使用最少的计算资源。然而，它还提供了方便的功能来处理较小的数据集（例如，Sanger 数据集）。在我们的测试中，它始终提供了一种比现有应用程序更快速、更高效（内存占用低）的替代方案，用于各种序列比对操作（见性能基准）。

在文档中了解更多关于 SEGUL 的信息。

引用

Handika, H. 和 J. A. Esselstyn. 2024. SEGUL：用于操作和汇总系统发育基因组数据集的超快、内存高效且移动友好的软件. 分子生态学资源. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13964.

链接

• 应用文档： [英文]
• API 文档： [Rust]
• GUI： [源代码]
• Python API： [源代码] [PyPI]

安装

GUI 版本

桌面

移动

在文档中了解设备要求和 GUI 应用程序安装的更多信息。

CLI 版本

CLI 应用程序可能在任何 Rust 支持的 平台 上运行。但是，我们只测试并官方支持以下平台

• Linux
• MacOS
• Windows
• Windows Linux 子系统 (WSL)

CLI 安装方法

• 预编译的二进制文件：[发布版本] [文档]
• Conda: [软件包] [文档]
• 包管理器: [文档]
• 从源代码： [文档]
• 测试版： [文档]

API版本

API版本适用于Rust和其他编程语言。对于Rust用户，您可以通过Cargo安装它

cargo add segul

Python

我们为Python提供绑定（称为pysegul）。像使用任何其他Python包一样使用SEGUL

pip install pysegul

在文档中了解更多关于使用SEGUL API的信息。

功能

支持的序列格式

1. NEXUS
2. 宽松的PHYLIP
3. FASTA
4. FASTQ（压缩和解压的）

所有格式都支持交错和顺序版本。除了FASTQ（仅DNA）外，应用程序支持DNA和氨基酸序列。

支持的分区格式

1. RaXML
2. NEXUS

NEXUS分区可以写成NEXUS格式序列中嵌入的charset块或单独的文件。

贡献

我们欢迎任何形式的贡献，包括问题报告、改进应用的思路，以及代码贡献。对于想法和问题报告，请发布在GitHub问题页面。对于代码贡献，请Fork存储库并向此存储库发送pull请求。