Lib.rs

描述

此存储库是 CELEBRIMBOR 泛基因组分析管道的一部分，它提供了 Rust 代码，根据基因组样本中基因观察次数的多少将基因标记为核心、稀有或两者都不是。代码试图通过使用 CheckM 软件的基因组完整性分数来考虑不完整的基因组样本。

以下人员参与了 Rust 代码的编写并将其集成到 CELEBRIMBOR 管道中

• Joel Hellewell
• John Lees
• Sam Horsfield
• Johanna Von Wachsmann

示例

您可以在 checkM 输出的 genome_metadata.tsv 和存在-不存在矩阵（CELEBRIMBOR snakemake 管道中先前生成）gene_presence_absence.Rtab 上运行此代码。completeness-列 7 参数指定了 genome_metadata.tsv 中包含每个基因组样本完整性分数的列。

首先，使用此目录中的 cargo build --release 建立crate。然后，可以使用以下命令在示例数据上运行程序

target/release/cgt_bacpop example_data/genome_metadata.tsv example_data/gene_presence_absence.Rtab--completeness-列7