libprosic

libprosic是一个使用潜在变量模型调用基因组变异的Rust库。该库正在积极开发中。可以在这里找到描述模型早期版本的预印本：https://doi.org/10.1101/121954。

作者

模型

• Johannes Köster（采样概率，插入/缺失等位基因概率，FDR控制，先验概率）
• Louis Dijkstra（潜在变量模型）
• David Lähnemann（单个细胞全基因组扩增模型，单个细胞和批量联合调用模型/事件设置）
• Alexander Schönhuth（潜在变量模型，单个细胞全基因组扩增模型，单个细胞和批量联合调用模型/事件设置）

实现

• Johannes Köster（框架，软件架构，模型，肿瘤-正常变异调用）
• David Lähnemann（单个细胞变异调用，事件集的FDR）与Johannes Köster的强力支持

指导

• David Lähnemann的指导： Alice McHardy 和 Alexander Schönhuth

所属机构

在项目工作期间所属机构

• 生命科学与健康小组，荷兰阿姆斯特丹，Centrum Wiskunde & Informatica：Louis Dijkstra，Johannes Köster，Alexander Schönhuth
• 计算感染研究小组，德国不伦瑞克，Helmholtz Centre for Infection Research：David Lähnemann，Alice McHardy
• 可重复生物信息学算法实验室，德国埃森大学医院人类遗传学研究所，杜伊斯堡-埃森大学：Johannes Köster
• 儿童肿瘤、血液学和临床免疫科，德国杜塞尔多夫海因里希·海涅大学医学院附属儿童医院：David Lähnemann