Unitig Flipper

此程序接受一组unitig作为FASTA文件，并试图通过启发式方法重新定位unitig，以最小化k-mer的SBWT中的虚拟节点数量。

编译

首先，安装Rust。然后

git submodule update --init
cargo build --release

这将在target/release/unitig_flipper处生成二进制文件。如果您想将程序安装到$PATH，请运行cargo install --path .

用法

Usage: unitig_flipper --input <input> --output <output> -k <k>

Options:
  -i, --input <input>    Input FASTA or FASTQ file, possibly gzipped
  -o, --output <output>  Output FASTA or FASTQ file, possibly gzipped
  -k <k>                 k-mer length
  -h, --help             Print help