#突变 #k-mer #模式 #分区 # #信息 #概率

pattern_partition_prediction

读取和查询k-mer模式分区信息

4个版本

0.1.4 2021年10月3日
0.1.3 2021年2月5日
0.1.1 2020年12月15日
0.1.0 2020年8月4日

#159生物学


2 crate 中使用

MITLGPL-3.0

25KB
526

k-mer模式分区预测

一个用于读取和查询点突变概率的Rust库。

例如,当您有一个如下所示的输入文件时

A->C MNAANVR 7.589541872637903e-06
A->C RNKAVKN 7.839974716364649e-06
A->G NAAATNN 2.6344844835403154e-05
A->G NRTASWD 3.8916665703091594e-05
A->T NNAATNV 5.161581369396004e-06
A->T NNHACNN 6.636144968007699e-06
C->A ANACAAN 1.9414406870708827e-05
C->A BBACVAN 1.783626464296544e-05
C->A HNRCWKN 1.1882887322469946e-05
C->G NADCYDD 1.9273637543165863e-05
C->G NCHCKNC 2.0450439690457853e-05
C->G NDNCGNN 2.3540691630409924e-05
C->G NNWCAAH 1.3384209291990454e-05
C->T DNSCYTN 5.0466135573024847e-05
C->T NCACGVN 0.0006964474916140189
C->T NHACMRA 3.95017705645649e-05
C->T NVSCGNW 0.0006052619765592556
C->A NNRCGKN 3.8108173013492654e-05

第一行告诉您,在IUPAC上下文MNA(左侧)和NVR(右侧)下,腺嘌呤到胞嘧啶的点突变概率为7.589541872637903e-06。

此库使从papapred文件(上面显示的内容所在的文件)访问此信息变得更加方便。

依赖项

~16KB