minimizer-iter

遍历DNA序列的最小化器。

特性

• 单次遍历中迭代最小化器
• 输出带有位置的位打包最小化器
• 支持由Groot Koerkamp & Pibiri引入的mod-minimizers
• 支持规范最小化器
• 支持自定义核苷酸的位编码
• 支持自定义 哈希器，默认使用 wyhash
• 可以设置种子以产生不同的排序

如果您想手动使用底层数据结构，请查看minimizer-queue 包。

示例用法

use minimizer_iter::MinimizerBuilder;

// Build an iterator over minimizers
// of size 21 with a window of size 11
// for the sequence "TGATTGCACAATC"
let min_iter = MinimizerBuilder::<u64>::new()
    .minimizer_size(21)
    .width(11)
    .iter(b"TGATTGCACAATC");

for (minimizer, position) in min_iter {
    // ...
}

如果您想使用mod-minimizers，只需将 new() 更改为 new_mod()

use minimizer_iter::MinimizerBuilder;

// Build an iterator over mod-minimizers
// of size 21 with a window of size 11
// for the sequence "TGATTGCACAATC"
let min_iter = MinimizerBuilder::<u64, _>::new_mod()
    .minimizer_size(21)
    .width(11)
    .iter(b"TGATTGCACAATC");

for (minimizer, position) in min_iter {
    // ...
}

此外，迭代器还可以产生规范最小化器，以便序列及其互补序列选择相同的最小化器。要做到这一点，只需在构建器中添加 .canonical()

MinimizerBuilder::<u64>::new()
    .canonical()
    .minimizer_size(...)
    .width(...)
    .iter(...)

如果您需要更长的最小化器（> 32个碱基），可以指定更大的整数类型，例如 u128

MinimizerBuilder::<u128>::new()
    .minimizer_size(...)
    .width(...)
    .iter(...)

有关更多详细信息，请参阅文档。

基准测试

要与其他最小化器的实现进行基准测试，请克隆此仓库并运行

cargo bench

贡献者

• Igor Martayan（主要开发者）