基础序列压缩

Base Sequence Compression是一个Rust库，用于压缩和解压缩DNA序列。此库有效地编码DNA序列，在减少存储空间的同时保留原始数据的完整性。DNA碱基（A、C、T、G）使用每个2位进行编码，从而实现显著的压缩。

特性

• 压缩和解压缩：将DNA序列压缩成二进制格式，并将其解压缩回原始形式。
• 错误处理：通过panic处理无效的DNA序列，确保数据完整性。
• 压缩率计算：计算压缩率以评估压缩效率。

用法

将库添加到您的项目

将以下内容添加到您的Cargo.toml

[dependencies]
base_sequence_compression = "0.1.0"

示例

以下是如何使用此库的示例

use base_sequence_compression::{compress_sequence, decompress_sequence};

fn main() {
    let dna_sequence = "ACGTACGTACGT";
    let compressed = compress_sequence(dna_sequence);
    let decompressed = decompress_sequence(&compressed);

    assert_eq!(dna_sequence, decompressed);
    println!("Compression successful!");
}

API

compress_sequence

将DNA序列压缩成二进制格式。

pub fn compress_sequence(sequence: &str) -> Vec<u8>

• 输入：&str - 要压缩的DNA序列。
• 输出：Vec<u8> - 压缩的二进制数据。

decompress_sequence

将二进制数据解压缩回原始DNA序列。

pub fn decompress_sequence(compressed: &[u8]) -> String

• 输入：&[u8] - 压缩的二进制数据。
• 输出：String - 解压缩的DNA序列。

测试

该库包含了一套完整的测试，以确保压缩和解压缩函数的正确性。要运行测试，请使用以下命令

cargo test

测试用例

• 压缩和解压缩：测试压缩和解压缩各种序列，包括边缘情况。
• 无效序列处理：确保通过panic适当处理无效序列。
• 压缩率：评估压缩算法的效率。

示例测试

以下是一个检查DNA序列压缩和解压缩的示例测试

#[test]
fn test_compress_decompress() {
    let dna_sequence = "ACGTACGTACGT";
    let compressed = compress_sequence(dna_sequence);
    let decompressed = decompress_sequence(&compressed);

    assert_eq!(dna_sequence, decompressed);
}

许可证

本项目受MIT许可证许可。有关详细信息，请参阅LICENSE文件。

贡献

欢迎贡献！如果您有任何改进或错误修复，请打开一个issue或提交一个pull request。

致谢

感谢贡献者和开源社区给予宝贵的反馈和支持。

仓库： Base Sequence Compression

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