Multi-seq-align

Rust中操作多个序列比对（DNA/蛋白质）的库。

与将比对序列存储为多个字符串不同，multi_seq_align 使用字符列表将基或残基存储在 Alignment 中，就像一个矩阵。这使得可以轻松访问比对的特定行和列。

用法

let mut kappa_casein_fragments_alignment = Alignment::with_sequences(
    &[
        b"PAPISKWQSMP".to_vec(),
        b"HAQIPQRQYLP".to_vec(),
        b"PAQILQWQVLS".to_vec(),
    ],
)?;

// Let's extract a column of this alignment
assert_eq!(
    kappa_casein_fragments_alignment.nth_position(6).unwrap(),
    [&b'W', &b'R', &b'W']
);

// But we also have the aligned sequence for the Platypus
// Let's add it to the original alignment
kappa_casein_fragments_alignment.add(
    b"EHQRP--YVLP".to_vec(),
)?;

// the new aligned sequence has a gap at the 6th position
assert_eq!(
    kappa_casein_fragments_alignment.nth_position(6).unwrap(),
    [&b'W', &b'R', &b'W', &b'-']
);

// We can also loop over each position of the alignment
for aas in kappa_casein_fragments_alignment.iter_positions() {
    println!("{:?}", aas);
    assert_eq!(aas.len(), 4); // 4 sequences
}

在这里，我使用 u8 实例化了比对，但 Alignment 适用于泛型，如数字、自定义或第三方结构。

特性

• 一次从一个或多个比对序列创建 Alignment（请参阅 add() 和 create()）。
• 提取比对的列（请参阅 iter_positions() 和 iter_sequences(）。这个库目前处于早期开发阶段。我不建议在生产环境中使用它，但我对进一步发展这个项目的想法很感兴趣。为了改进API并使其易于在其他项目中使用，还需要做一些工作。

想法

• 计算保守得分
• 识别保守位点
• 计算共识序列
• 合并/修剪比对
• 比对文件的序列化/反序列化
• 提取子比对
  • 位置
  • 基序

优化

我的目标是减少这个库的占地面积，为此还需要做些工作。代码最终将被优化，以使其运行更快并更好地使用内存。

问题

以泛型方式确保所有序列长度相同具有挑战性，并导致一些代码不够优雅。

想法 & 错误

请在 项目仓库 上创建一个新的问题。

许可

Aa-regex 根据 Apache 许可协议（版本 2.0）进行分发。有关详细信息，请参阅 LICENSE。