Lib.rs

描述

这是一个Rust库，帮助解析、编辑和保存晶体学PDB/mmCIF文件。它可以读取PDB/mmCIF文件中的大多数原子数据。其高级目标是创建一个稳定、高效且易于使用的纯Rust编写的PDB/mmCIF文件接口。

贡献

由于这是一个处于积极开发中的库，请随时分享您的想法、观点、希望和批评。每个评论都将被阅读和讨论，以便使这个库尽可能地为所有用户有用。当然我们都喜欢文明讨论，所以请遵循社区指南，但总的来说，请做一个文明的人。

许可证

MIT

为什么

这最初是为了在科学项目中使用Rust而开始的。但它变成了一个开源项目，因为我认为在科学计算中使用Rust非常有帮助，并且是一个很好的补充，与无处不在的Python并列。所以通过创建它，我希望扩展Rust的可用性。自从《自然》杂志发表了一篇（技术特性）文章（文章），阐述了使用Rust的好处，并表明Rust的使用越来越广泛，我计划在科学项目中更多地使用Rust。我认为帮助Rust（在科学社区中）前进的最好方法是创建更多支持Rust科学项目的支持。

贡献者

• Douwe Schulte
• 石天翼
• DocKDE
• Oliver Wissett

支持的功能

由于这个库的主要目标是允许访问原子数据，因此不支持PDB和mmCIF的许多元数据功能。对于这两种文件格式，使用最新版本（PDB v3.30和mmcif v5.338），但鉴于它们都是非常稳定的文件格式，确切版本不应影响最终用户。

计划支持的功能将包含在1.0版本中。预期支持的功能将是候选者，但不一定包含在1.0版本中。不支持的功能被认为对于这些文件上的原子数据计算不是必要的。如果您确实需要这些功能，请提出问题，我们可以讨论其包含。另外，如果您需要“计划”或“预期”的功能，请随时提出问题以指导开发，使其对现实生活产生影响。

其他功能包

• 该功能包利用功能包Rayon的力量，提供对PDB结构的多线程迭代器。
• 该功能包利用功能包rstar的力量，提供非常高效的空间查找。
• 该功能包有选择原子（s）的健壮方式，请参阅Search。
• 该功能包有许多针对常见PDB操作的出色辅助方法（重新编号、排序、原子属性查找）。
• 该功能包有许多遍历PDB结构的方法，以方便访问和控制性能。

最新更新

v0.11.0

• 添加了对压缩文件（.gz）的支持（感谢OWisset）
• 不再自动将链名称转换为大写（感谢OWisset）

另请参阅变更日志。

支持和开发

当我在自己的项目中积极使用此功能包时，该功能包正在积极开发和扩展。我非常愿意接收并处理PR和问题，即使项目看起来有点过时。但如果有人发现这个项目过时，并想接管管理和/或主要开发，请随时联系，我们可以讨论。如果这意味着项目将继续存在，我将很高兴将项目和crates.io的访问权转让。