Flowtigs

宏基因组中DNA读取的De Bruijn图中计算flowtigs的算法。

输入

输入文件应是一个表示弧中心De Bruijn图的edgelist。edgelist的格式应如下所示

• 每条边由一行4个值组成，这些值由空格分隔。
• 值，按此顺序是
  1. 起始节点
  2. 结束节点
  3. 权重
  4. 字符串序列

输出

此算法的输出是一个FASTA文件，其中包含从0到<总序列数> - 1的索引命名的安全最大字符串序列。

运行说明

假设已安装Rust，则使用以下命令运行该算法

cargo运行 --发布 ---k{k}--input'{arc_centric_dbg}'--output'{safe_paths}' 2>&1 | tee -a '{log}'

其中

• {k}是De Bruijn图中使用的k-mer的大小。
• {arc_centric_dbg}是输入edgelist。
• {safe_paths}是所需的输出文件路径。
• {log}是所需的日志文件路径。

还可以使用以下命令在没有日志文件的情况下运行该算法

cargo运行 --发布 ---k{k}--input'{arc_centric_dbg}'--output'{safe_paths}'

安装

首先，如果您尚未安装，请安装Rust。

在Linux或macOS上安装Rust

在终端窗口中运行以下代码片段

$ curl --proto '=https' --tlsv1.2 https://sh.rustup.rs -sSf | sh

在Windows上安装Rust

点击此链接并按照说明安装rustup。

安装flowtigs

使用

cargo new hello_cargo <br>  
cd hello_cargo

或导航到您的项目目录，然后运行

cargo add flowtigs

或者将 flowtigs = "1.0.1" 添加到您的 Cargo.toml 文件中。