🎼🧬 lightmotif-io

lightmotif crate 的几种格式解析器实现。.

🗺️ 概览

位置特异性得分矩阵相对较小，易于作为计数矩阵或有时直接作为对数优势交换，但不同的数据库已经独立开发了不同的格式来容纳相关的元数据。这个 crate 提供了方便的解析器，用于从多个 PSSM 文件格式加载 lightmotif 矩阵，包括

• TRANSFAC 格式记录，附带相关元数据。
• JASPAR 计数矩阵（JASPAR 2016 带括号格式或原始格式）及其记录头。
• UniPROBE 频率矩阵及其记录头。
• MEME 最小 记录及其元数据、背景概率和频率矩阵。

💭 反馈

⚠️ 问题跟踪器

发现了一个错误？有增强请求吗？如果您需要报告或询问某些内容，请访问 GitHub 问题跟踪器。如果您正在提交错误报告，请尽可能提供有关问题的详细信息，并尝试在简单、易于复现的情况下重现相同的错误。

📋 更新日志

此项目遵循 语义版本控制 并提供 更新日志，格式为 Keep a Changelog。

⚖️ 许可证

此库在开源 MIT 许可证 下提供。

本项目由 Martin Larralde 在 欧洲分子生物学实验室 的 Zeller 团队 的博士项目中开发。