先决条件

• 安装Rust。
• 安装ViennaRNA。

此crate需要静态库（Linux和MacOS上的libRNA.a）以及C头文件。

配置

使用环境变量

librna-sys 提供了两个环境变量，以便在自定义目录中安装 ViennaRNA 时使用。使用方法如下

export LIBRNA_INCLUDE_DIR=/path/to/headerdirectory # default: /usr/include
export LIBRNA_LIB_DIR=/path/to/librarydirectory # default: /usr/lib

之后，可以将该包作为 Cargo.toml 中的依赖项使用。

[dependencies]
librna-sys = "0.2"

使用 pkg-config

如果您的系统上安装了 pkg-config 并且 ViennaRNA 已正确安装

[dependencies]
librna-sys = { version = "0.2" , features = ["auto"] }

则可以使用它来代替设置环境变量。

用法

请参阅 C API 的原始文档。在大多数情况下，您可能希望使用官方的 Python 绑定。

仅当某些 C API 的功能尚未作为 Python 绑定公开，并且您出于某种原因更喜欢用 不安全 的 Rust 而不是 C 编写时，才使用此包。

示例：扩展 ViennaRNA

注意：自版本 2.5.0 开始，ViennaRNA 支持带有假结的碱基对距离。

此示例旨在说明如何使用 librna-sys 在 ViennaRNA 上构建。

examples/bpdist.rs 扩展了 ViennaRNA 的碱基对距离，以支持具有假结的二级结构。通过运行以下命令构建此示例

cargo build --release --example bpdist #--features auto

生成一个动态库 target/release/examples/libbpdist.so，其中公开了 Python 绑定。将其复制到您想要的位置，并按如下方式导入

from libbpdist import bp_distance_pk

structures = [".((..[[[..))..]]].", ".((.[.[[..))..]]]."]
print(bp_distance_pk(structures[0], structures[1]))

贡献

我欢迎任何想法或建议。目前，还不清楚这将走向何方，但以下是一些想法

• 提供完整的 安全 绑定到 ViennaRNA 可能与在 Rust 中完全重写一样复杂。
• 也许一个单独的包可以作为扩展 ViennaRNA 的 安全 API 的中央集合。

已知问题

如果您遇到包含错误的消息，包括使用 X.Y.0 而不是预期的 Y.Z.0 生成的 LTO 版本，您可以自己重新编译 ViennaRNA 或降级您的 Rust 工具链。调整一些与链接器相关的代码生成选项也可能有所帮助，但尚未彻底测试。