RNA 结构比对概率推理引擎的可训练版本

安装

此项目是用 Rust 编写的，Rust 是一种系统编程语言。您需要安装 Rust 组件，即 rustc（Rust 编译器）、cargo（Rust 包管理器）和 Rust 标准库。访问 Rust 网站 了解更多关于 Rust 的信息。您可以使用以下单行命令安装 Rust 组件：

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

Rustup 安排上述安装并允许轻松切换正在使用的编译器。您可以安装 ConsProb

# AVX, SSE, and MMX enabled for rustc
# Another example: RUSTFLAGS='--emit asm -C target-feature=+avx2 -C target-feature=+ssse3 -C target-feature=+mmx -C target-feature=+fma'
RUSTFLAGS='--emit asm -C target-feature=+avx -C target-feature=+ssse3 -C target-feature=+mmx' \
  cargo install consprob-trained

检查您是否已正确安装 ConsProb

# Its available command options will be displayed
consprob_trained

您可以使用准备好的采样 tRNA 测试集运行 ConsProb

git clone https://github.com/heartsh/consprob-trained \
  && cd consprob-trained
cargo test --release
# The below command requires Gnuplot (http://www.gnuplot.info)
# Benchmark results will be found at "./target/criterion/report/index.html"
cargo bench

Docker 沙盒

我提供了 我的基于 Docker 的 RNA 软件沙盒及其说明，以便您可以轻松地回放我的计算实验。

方法摘要

ConsProb-Turner 可以使用 Turner 的模型计算 RNA 双重结构比对的多种稀疏后验概率。此仓库提供 ConsProb-trained，它是 ConsProb-Turner 的机器学习对应版本。此仓库还包括 ConsTrain，ConsProb-trained 的基于结构比对的机器学习方法。

作者

Heartsh

许可证

版权所有 (c) 2018 Heartsh
许可协议 MIT 许可证。