基于结构比对错误纠正的共识二级结构预测器

安装

本项目主要用 Rust 编写，Rust 是一种系统编程语言。您需要安装 Rust 组件，即 rustc（Rust 编译器）、cargo（Rust 包管理器）和 Rust 标准库。访问 Rust 网站 了解更多关于 Rust 的信息。您可以使用以下单行命令安装 Rust 组件：

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

上述安装由 Rustup 完成，Rustup 可以轻松切换正在使用的编译器。作为 ConsAlifold 的依赖项，您需要安装 ViennaRNA 和 LocARNA-P（如果您想使用 ConsProb）。您可以通过以下方式安装 ConsAlifold：

# AVX, SSE, and MMX enabled for rustc
# Another example: RUSTFLAGS='--emit asm -C target-feature=+avx2 -C target-feature=+ssse3 -C target-feature=+mmx -C target-feature=+fma'
RUSTFLAGS='--emit asm -C target-feature=+avx -C target-feature=+ssse3 -C target-feature=+mmx' \
  cargo install consalifold

以下是如何检查您是否正确安装了 ConsAlifold：

# Its available command options will be displayed.
consalifold

您可以使用准备好的测试 RNA 成对来运行 ConsAlifold。

git clone https://github.com/heartsh/consalifold \
  && cd consalifold
cargo test --release
# The below command requires Gnuplot (http://www.gnuplot.info)
# Benchmark results will be found at "./target/criterion/report/index.html"
cargo bench

以下 Python 脚本可以重现描述 ConsAlifold 原理的论文中显示的图表 [论文链接]。

cd scripts
# Please install python packages required to this reproduction.
# Saved figures will appear at the "../assets/images" directory.
./run_all.sh

Docker 操场

我提供了 基于 Docker 的 RNA 软件及其说明的操场，以轻松重复我的计算实验。

方法摘要

RNAalifold 将每个 RNA 序列成对折叠，最小化预测共识二级结构的平均自由能。基于 RNA 共识二级结构上的后验列基序配对概率，PETfold 和 CentroidAlifold 将每个 RNA 序列成对折叠。PETfold 和 CentroidAlifold 利用 RNA 二级结构上的后验核苷酸配对概率来纠正每个输入成对中的潜在错误。为了实现比 PETfold 和 CentroidAlifold 更好的成对错误纠正，我开发了 ConsAlifold，该 ConsAlifold 实现在此仓库中，使用平均概率一致性来纠正每个 RNA 序列成对的潜在错误。

作者

Heartsh

许可证

版权所有 (c) 2018 Heartsh
在 MIT 许可证 下授权。