gtftools

一个用于解析和查询Ensembl-GTF格式文件的crate。

解析器达到接近 wc -l 的吞吐量。

使用方法

此功能作为迭代器使用，并接收任何实现 BufRead 的项目。

从文件

use std::{fs::File, io::BufReader};
use gtftools::GtfReader;

let handle = File::open("data/example.gtf")
  .map(BufReader::new)
  .unwrap();

let num_records = GtfReader::from_bufread(handle)
  .filter_map(|x| x.ok())
  .count();

assert_eq!(num_records, 10);

从Gzip文件

use std::{fs::File, io::BufReader};
use flate2::read::MultiGzDecoder;
use gtftools::GtfReader;

let handle = File::open("data/example.gtf.gz")
  .map(MultiGzDecoder::new)
  .map(BufReader::new)
  .unwrap();

let num_records = GtfReader::from_bufread(handle)
  .filter_map(|x| x.ok())
  .count();

assert_eq!(num_records, 10);