25 个版本
使用旧的 Rust 2015
| 0.1.24 | 2023 年 2 月 24 日 |
|---|---|
| 0.1.22 | 2022 年 3 月 16 日 |
| 0.1.20 | 2021 年 1 月 30 日 |
| 0.1.18 | 2020 年 12 月 4 日 |
| 0.1.11 | 2018 年 3 月 19 日 |
在 生物学 中排名第 152
每月下载量 33 次
在 11 个 crate 中使用（通过 rna-algos）
18MB
1M SLoC
RNA 二级结构参数库
此库提供 RNA 二级结构的调整计算参数。当前可用的参数来自 Turner 2004 模型 或 CONTRAfold v2.02 模型。Turner 2004 模型提供实验估计的结构参数。（它们基于最近邻热力学。）相比之下，CONTRAfold v2.02 模型提供通过最大化训练二级结构的对数似然值进行计算优化的二级结构参数。我实现的 CONTRAfold v2.02 模型只是 CONTRAfold 源代码的副本，由 CONTRAfold 开发者十年前预先训练。Turner 2004 模型和 CONTRAfold v2.02 模型的比较如下：
| 模型 | Turner | CONTRAfold |
|---|---|---|
| 模型简单性 | 复杂 | 简单 |
| 参数优化 | 湿和干 | 仅干 |
| 是否捕获 RNA 环结构？ | 是 | 是 |
| 是否允许非规范碱基配对？ | 否 | 是（但在此存储库中已禁用） |
作者
许可协议
版权（c）2017 Heartsh
根据 MIT 许可协议 许可。