SDSL-RS

紧凑数据结构库的Rust接口 (SDSL-lite)。

简介

SDSL-lite 是一个C++11库，它实现了紧凑数据结构。例如结构包括：任意宽度的整数向量、小波树和压缩后缀数组。该库在生物信息学等领域中得到广泛应用。

该库提供的许多数据结构都是使用C++ 模板 定义的。当从非C++语言与库进行接口时，这提出了挑战。SDSL-RS的主要目标是从Rust语言中与库进行接口的繁重工作！

进展

以下列表包括所有将要支持的结构。该列表是从这里找到的cheatsheet中派生出来的。

列表中已勾选的项目目前已被支持。近期目标是支持每个部分的每个数据结构。

请联系聊天频道以进行优先级请求。

需求

SDSL-lite

SDSL-lite必须在开发环境中可编译。需求信息请参阅此处。

常见的缺失依赖包括libdivsufsort-dev。

SDSL-RS

SDSL-RS使用了const generics，因此可能需要Rust 工具链的beta版本。

使用SDSL-RS的项目必须包含一个构建脚本（build.rs），内容如下

// build.rs
fn main() {
    match sdsl::build() {
        Ok(_) => {}
        Err(e) => panic!("Error: {}", e),
    };
}

因此，项目的Cargo.toml文件必须包含一个build-dependencies部分，例如

[dependencies]
sdsl = "0.3.0"
# ... other dependencies ...

[build-dependencies]
sdsl = "0.3.0"

sdsl::build()函数调用允许SDSL-RS分析当前项目的代码库（通过MIR）并在顶级target目录中构建适当的接口。添加SDSL-RS后的项目初始编译需要一些时间，因为SDSL-lite作为依赖项进行编译。后续编译应该很快。

示例

一个示例项目可以在此处找到。它包含所有支持的数据结构的示例。

此示例展示了如何构建一个H₀压缩位向量（sdsl::bit_vectors::RrrVector）

let bv = sdsl::bit_vector! {1, 1, 0, 1};
let rv = sdsl::bit_vectors::RrrVector::<sdsl::int_vectors::IntVector<0>, 10, 2>::new(&bv)?;

let result = rv.get_bv_element(2);
let expected = 0;
assert_eq!(result, expected);