PDBget

CLI程序，用于从rcsb.org或PDBe下载文件

安装

使用Cargo

cargo install GetPDB
pdbget -v

从源代码

git clone https://gitlab.com/philippe_noel/pdbget.git
cd pdbget
cargo install --path
pdbget --help

用法

Get Protein files 1.0.1
Philippe Noel
Download Protein files on rcsb.org or pdbe

USAGE:
    pdbget [OPTIONS] <PDBs>...

FLAGS:
    -h, --help       Prints help information
    -V, --version    Prints version information

OPTIONS:
    -o <Output>         Output folder where to store files [default: ./]
    -s <Server>         Server name where to download pdb files. 'rcsb', 'pdbe'.
                        Format for rcsb: 'fasta', 'pdb', 'pdbgz', 'cif', 'cifgz', 'xmlgz'.
                        Format for pdbe: 'fasta', 'pdb', 'pdbgz', 'cif', 'xml'.
                         [default: rcsb]
    -t <UriType>        File type to download. 'pdb', 'pdbgz', 'cif', 'cifgz', 'fasta', 'xml', 'xmlgz' [default: PDB]

ARGS:
    <PDBs>...    PDB identifiers

使用-s选项，您可以选择下载文件的服务器。可能的服务器有

• rcsb : RCSB.org
• pdbe : PDBe 注意，并非所有格式都适用于所有服务器。请查看表格。

使用-t选项，您可以指定输出文件格式。可能的格式有

• pdb : PDB格式
• pdbgz : PDB文件的GZ压缩
• cif : CIF格式
• cifgz : CIF文件的GZ压缩
• fasta : 蛋白质的FASTA序列
• xml : XML文件的GZ压缩（rcsb.org上不提供未压缩的XML）