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saboten

提供有向图、仙人掌图和树,以及一个在变异图中寻找超泡的算法

9 个版本

0.1.2-alpha.32021 年 6 月 29 日
0.1.2-alpha.22021 年 2 月 9 日
0.1.0 2020 年 11 月 24 日
0.0.3 2020 年 10 月 17 日

#270生物学


用于 gfautil

MIT 许可证

720KB
3K SLoC

Saboten - Rust 中的仙人掌图和超泡

实现了 超级泡、超泡和仙人掌论文 中描述的算法。

支持将 GFA 图转换为有向图,并将其进一步转换为仙人掌图、仙人掌树和桥森林。

然后可以使用这些结构来找到图中的超泡(请参阅论文以获取更多详细信息)。

对于在命令行应用程序中使用此库,请参阅 gfautil

限制

输入图必须具有所有段名称为无符号整数,并且紧密排列,例如,如果有 N 个段,则从 0 到 N-1,但编号不必从零开始。

依赖项

~8–18MB
~208K SLoC