#rna #bioinformatics #secondary-structure

bin+lib cpr

CapR,高效的 RNA 环境概率估算器

13 个稳定版本

使用旧的 Rust 2015

1.1.0 2017年6月20日
1.0.11 2017年6月6日
1.0.9 2017年3月26日
1.0.8 2017年2月8日
1.0.7 2017年1月9日

#5 in #secondary-structure


crast 中使用

MIT 许可协议

265KB
3.5K SLoC

CapR,高效的 RNA 环境概率估算器

此二进制文件提供了 Tsukasa Fukunaga 提出的 CapR 算法,一个高效的 RNA 环境概率估算器。它提供多线程版本,而原始二进制文件提供串行版本。您可以通过添加选项 "-h" 来检查所有可用选项。

安装

该项目是用 Rust 编写的,一种系统编程语言。因此,您首先需要安装 Rust 编译器(Rustc)、Rust 包管理器(Cargo)和 Rust 标准库。请访问 Rust 网站 了解更多信息。您可以使用以下一行代码进行安装:

$ curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh

上面的安装是通过 Rustup 完成的,因此您可以轻松切换编译器以使用。现在,您可以通过以下方式安装 CapR:

$ cargo install --git https://github.com/heartsh/cpr

以下方式检查是否已正确安装:

$ cpr

如果您想了解它有多快,可以运行以下基准测试:

$ git clone https://github.com/heartsh/cpr && cd cpr
$ tar xvf asts.tar.bz2
$ cargo test --release -- --nocapture

作者

Heartsh

许可协议

版权 (c) 2016 Heartsh
MIT 许可协议 下授权。

依赖关系

~7.5MB
~118K SLoC