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#269 in 生物学
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👩⚕Dr. PRG - Drug resistance Prediction with Reference Graphs️👨⚕️
完整文档: https://mbh.sh/drprg/
正如其名,DrPRG 是一个用于从测序数据预测药物耐药性的工具。只要为该物种提供索引,就可以用于任何物种。《文档》概述了哪些物种有预构建索引,以及如何创建自己的索引的指南。
快速使用
下载最新的 M. tuberculosis 预构建索引
drprg index --download mtb
从 Illumina fastq 预测耐药性
drprg predict -x mtb -i reads.fq --illumina -o outdir/
帮助
$ drprg -h
Drug Resistance Prediction with Reference Graphs
Usage: drprg [OPTIONS] <COMMAND>
Commands:
build Build an index to predict resistance from
predict Predict drug resistance
index Download and interact with indices
help Print this message or the help of the given subcommand(s)
Options:
-v, --verbose Use verbose output
-t, --threads <INT> Maximum number of threads to use [default: 1]
-h, --help Print help (see more with '--help')
-V, --version Print version
引用
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