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0.1.1 2023 年 4 月 6 日
0.1.0 2023 年 4 月 6 日

#269 in 生物学

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👩‍⚕Dr. PRG - Drug resistance Prediction with Reference Graphs️👨‍⚕️

codecov Rust github release version License: MIT

完整文档: https://mbh.sh/drprg/

正如其名,DrPRG 是一个用于从测序数据预测药物耐药性的工具。只要为该物种提供索引,就可以用于任何物种。《文档》概述了哪些物种有预构建索引,以及如何创建自己的索引的指南。

快速使用

下载最新的 M. tuberculosis 预构建索引

drprg index --download mtb

从 Illumina fastq 预测耐药性

drprg predict -x mtb -i reads.fq --illumina -o outdir/

帮助

$ drprg -h
Drug Resistance Prediction with Reference Graphs

Usage: drprg [OPTIONS] <COMMAND>

Commands:
  build    Build an index to predict resistance from
  predict  Predict drug resistance
  index    Download and interact with indices
  help     Print this message or the help of the given subcommand(s)

Options:
  -v, --verbose        Use verbose output
  -t, --threads <INT>  Maximum number of threads to use [default: 1]
  -h, --help           Print help (see more with '--help')
  -V, --version        Print version

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