#sequencing #crispr #bioinformatics #sg-rna

geopagg

sgRNA在基因分组中的p值聚类的geopagg算法的实现

4个版本

0.1.3 2024年8月12日
0.1.2 2024年8月8日
0.1.1 2024年8月8日
0.1.0 2024年8月8日

#4#crispr

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MIT 许可证

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504 代码行

geopagg

基因组的几何p值聚合


lib.rs:

GeoPAGG:针对基因组的几何P值聚合

此库实现了GeoPAGG算法,该算法通过聚合多个sgRNA靶向同一基因的p值和log折叠变化来分析sgRNA差异丰度数据。

此库的主要组件包括

  • GeoPAGG:主要算法实现
  • WeightConfig:p值加权方案配置
  • TransformConfig:p值变换方法配置
  • GeoPAGGResults:用于存储和显示结果的构架

依赖项

~4MB
~74K SLoC