haddock-restraints

一个独立的命令行应用程序，用于生成用于 HADDOCK 的约束。

请访问 bonvinlab.org/haddock-restraints 获取用户指南。

命令

• tbl: 生成 TBL 文件
• ti: 从 PDB 文件生成真实界面约束
• restraint: 生成明确的约束以在对接过程中保持分子在一起
• interface: 列出界面中的残基
• z: 为蛋白质生成 Z 约束

计划功能

• 从输入文件（tbl 命令）生成 .tbl 文件
• 基于表面可及性定义被动残基（tbl 命令 - surface_as_passive）
• 在活性残基周围定义被动残基（tbl 命令 - passive_from_active）
• 支持 N 个交互者；2-体、3-体、4-体等（tbl 命令）
• 支持同一交互者中的多个交互位点（tbl 命令）
• 生成用于基准测试的 真实界面 约束（ti 命令）
• 创建明确的约束以在对接过程中保持分子在一起（restraint 命令）
• 过滤掉隐藏的残基（tbl 命令）
• 列出界面中的残基（interface 命令）
• 添加 Z 约束以在 Z 轴上保持分子对齐（z 命令）
• 基于模板的约束
• 指定原子子集
• 通过 CNS 生成随机约束 完成

用法

安装

如果您还没有安装 Rust，请先安装它 - 我们稍后会提供执行二进制文件 🤓

cargo install haddock-restraints

执行

$ haddock-restraints -h
Generate restraints to be used in HADDOCK

Usage: haddock-restraints <COMMAND>

Commands:
  tbl        Generate TBL file from input file
  ti         Generate true-interface restraints from a PDB file
  restraint  Generate Unambiguous restraints to keep molecules together during docking
  interface  List residues in the interface
  z          Generate Z-restraints for a protein
  help       Print this message or the help of the given subcommand(s)

Options:
  -h, --help     Print help
  -V, --version  Print version

故障排除

/usr/bin/ld:找不到-lc++:没有找到文件或目录

sudo apt-get install libc++-dev libc++abi-dev

无法找到 libclang

sudo apt-get install libclang-dev