#exon #bioinformatics #rust

应用程序 exon-benchmarks

exon的可执行基准测试

18个版本

0.3.4-beta.52023年10月16日
0.3.4-beta.32023年10月11日
0.3.3-beta.12023年9月26日
0.2.7-rc.32023年9月12日

#234 in 生物学

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Apache-2.0

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Exon基准测试

本页描述了Exon的基准测试。

UniProt非蛋氨酸氨基酸计数

这个基准测试展示了从uniprot中计数不以蛋氨酸开头的氨基酸的性能。

UniProt大约有56万个序列。

UniProt Non-Methionine Amino Acid Counts

VCF查询

这个基准测试展示了查询2.6G VCF文件中的基因组区域。

VCF Scan

BAM查询

这个基准测试展示了查询303M BAM文件中的基因组区域。与VCF查询基准测试相同。

SAM Scan

MzML扫描

这个基准测试展示了扫描大约有6k谱图的MzML文件。

MzML Scan

按文件并行FASTA扫描

这个基准测试展示了在不同并行级别下扫描8个FASTA文件。

Per-File Parallel FASTA Scan

依赖关系

~76MB
~1.5M SLoC