#文件格式 #数据帧 #生物信息学 #Apache Arrow #Python #分析 #读取

oxbow

在R、Python等中读取专门的生物信息学文件格式作为数据帧

4个版本 (2个重大变更)

0.3.1 2024年1月26日
0.3.0 2023年10月26日
0.2.0 2023年7月30日
0.1.0 2023年5月16日

#128 in 生物学

MIT/Apache

105KB
2.5K SLoC

oxbow

在R、Python等中读取专门的生物信息学文件格式作为数据帧。

文件格式给计算生物学家带来了很多摩擦。Oxbow是一个数据统一层,旨在提高数据可访问性和高性能分析的可操作性。

数据I/O由Rust处理,并通过Apache Arrow将功能暴露给Python和R。

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文档

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开发

oxbow项目分为独立的RustPythonR包。您可以按照这些说明下载示例数据。

依赖关系

~36MB
~453K SLoC