rust_sbml

用于 系统生物学标记语言 (SBML) 的解析器

• 独立的 Rust 库
• Python API

入门指南

Rust

将其添加到 Cargo.toml 中，不启用默认功能，以避免所有 PyO3 烦扰。

[dependencies.rust_sbml]
version = "0.7.0"
default_features=false

例如，

use rust_sbml::Model;

let example=r#"<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level3/version2/core" level="3" version="2">
     <model timeUnits="second" extentUnits="mole" substanceUnits="mole">
     </model>
</sbml>"#;
let result = Model::parse(example);
println!("{:?}", result.unwrap());

请参阅 write_to_file.rs 了解将数据序列化到文件的示例。

Python

仅在 Linux 上进行了测试。

使用 pip

pip install rust_sbml

从源码

克隆仓库。

git clone https://github.com/carrascomj/rust_sbml.git

您需要 maturin 来构建它。

python -m pip install maturin

• 本地构建

  maturin build --release
  pip install .
  

• 在 virtualenv 上构建（无需安装 pip）

  # --release can be omitted to speed up compilation time
  maturin develop --release
  

安装后，您可以使用它作为正常的 Python 包。

from rust_sbml import Model

sbml = Model("examples/EcoliCore.xml")
reaction = sbml.getListOfReactions()[0]
print(reaction.getListOfReactants())

里程碑

• getListOfSpecies() (id, name)
• getListOfCompartments() (id, name)
• getListOfReactions() (id, name)
  • .getListOfReactants() (id, name)
  • .getListOfProducts() (id, name)
• 能够检索 FBC 边界。
• 发布到 pypi
• 动力学定律，针对 SBML 定制的原始数学表达式。
• 元数据，针对 SBML 定制的原始 RDF。
• 具有 Python 调用的测试套件。
• 通过 cobrapy 与 libsbml 比较的测试套件。

许可证

许可方式任选其一

• Apache 许可证，版本 2.0，(LICENSE-APACHE 或 https://apache.ac.cn/licenses/LICENSE-2.0)
• MIT 许可证 (LICENSE-MIT 或 http://opensource.org/licenses/MIT)

。

贡献

除非您明确声明，否则您根据Apache-2.0许可证定义的任何有意提交以包含在作品中的贡献，应按上述方式双重授权，不附加任何额外条款或条件。

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