Rust中的Handlegraph

对变异图访问和操作的libhandlegraph接口的Rust实现。

概述

该crate提供了一些特质，共同封装了handlegraph接口。虽然这些特质并不直接映射C++接口，但几乎所有功能都存在并可使用。

lib.rs:

对变异图访问和操作的libhandlegraph接口的Rust实现。

概述

该crate提供了一些特质，共同封装了handlegraph接口。虽然这些特质并不直接映射C++接口，但几乎所有功能都存在并可使用。

除了抽象特质之外，目前还有两个具体的handlegraph实现了这些特质

• HashGraph 是一个基于HashMap的图，不采取任何措施来减少其内存占用，但速度快。
• PackedGraph 使用打包整数向量，大大减少内存使用。

接口

handlegraph接口分为三个类别，每个类别都包含多个特质，这些特质封装了其类别所暗示功能的一部分。

• handlegraph 用于对图的节点和边进行不可变访问
• mutablehandlegraph 用于对节点和边进行可变访问
• pathhandlegraph 用于对嵌入在图中的路径进行可变和不可变访问

Handle 和 NodeId

核心类型，在各个特质中广泛使用，定义在 handle

• NodeId 是一个用于节点标识的新类型
• Handle 表示节点的特定方向
• Edge 是一个用于特定顺序边的新类型

其他

• conversion 包含一些从 GFA 转换为 handlegraph 并反向转换的功能
• packed 是 PackedGraph 所使用的打包向量集合类型实现的地方