#crispr #bioinformatics #sequencing #read #cas12

app casgen

一种生成cas12 6-plex CRISPR序列的方法

4个版本

0.1.4 2022年10月8日
0.1.3 2022年10月8日
0.1.2 2022年10月8日
0.1.1 2022年10月8日

#6 in #crispr

MIT 许可证

12KB
262 代码行

casgen

生成随机的CAS12风格6-plex CRISPR读取。

构建

构建由以下结构定义

{stagger}{left_adapter}
  [{constant}{spacer}] *6
{right_adapter}{stagger}

其中stagger是0-8个碱基对的随机序列,{left,right}_adapter的长度不一定相同。恒定区域将具有相同的长度,间隔区域也具有相同的长度。

用法

安装

cargo install casgen

运行

casgen

自定义运行

查看帮助菜单

casgen --help

依赖项

~1.6–2.2MB
~42K SLoC