Lib.rs

宏基因组菌株解析器。

安装

选项 1: Cargo

cargo install lorikeet-rs

选项 2: Conda

尚未实现

选项 3: 手动构建

git clone https://github.com/rhysnewell/Lorikeet/git && cd Lorikeet && cargo build --release

使用方法

输入可以是读取和参考基因组，或 MAG。或者 BAM 文件和相关基因组。

Strain genotyping analysis for metagenomics

Usage: lorikeet <subcommand> ...

Main subcommands:
    genotype    *Experimental* Resolve strain-level genotypes of MAGs from microbial communities
    polymorph   Calculate variants along contig positions
    summarize   Summarizes contig stats from multiple samples
    evolve  Calculate dN/dS values for genes from read mappings

Less used utility subcommands:
    kmer    Calculate kmer frequencies within contigs
    filter    Remove (or only keep) alignments with insufficient identity

Other options:
    -V, --version   Print version information

Rhys J. P. Newell <r.newell near uq.edu.au>

从 bam 文件进行基因分型

lorikeet 基因分型-b 输入.bam-r 输入基因组.fna--e-最小值0.1 --e-最大值0.5 --点数-最小值0.1 --点数-最大值0.5

从读取进行基因分型

lorikeet 基因分型-r 输入基因组.fna-1正向读取.fastq-2反向读取.fastq

输出

基因分型

基因分型将生成多个 .fna 文件，代表预期的菌株水平基因型

多态性

多态性生成一个包含可能变异及其在参考中的位置的制表符分隔文件

进化

进化将根据在参考中发现的可能变异在编码区域产生 dN/dS 值。这些 dN/dS 值仅考虑单核苷酸多态性，但 INDEL 仍然可以报告。