Lib.rs

#+title: Bam2Seq

[https://crates.io/crates/bam2seq] [https://crates.io/crates/bam2seq]

此工具接受包含CIGAR字符串、读段和MD标签的BAM文件，并输出包含读段对和重建参考序列的.seq文件。

** 安装

直接使用cargo从 [https://crates.io/crates/bam2seq] 安装：#begin_src cargo install bam2seq #end_src

简单地克隆仓库，并可选地安装二进制文件。#begin_src git clone https://github.com/ragnargrootkoerkamp/bam2seq.git cd bam2seq cargo install --path . #end_src

** 使用 #begin_src cargo run --release -- <input.bam> <output.seq> [--no-clip] [--min-len] #end_src

• input.bam :: 输入BAM文件。
• output.seq :: 输出.seq文件。默认为input.seq。
• --no-clip :: 禁用从读段中剪切软剪切区域。
• --min-len :: 仅输出至少此长度的（剪切过的）读段。

这会输出一个.seq文件，其外观如下：#begin_src

ACTGATGA <ACAGATG read 2 <reference 2 ... #end_src

** 链接

• 这与 [[https://github.com/mlafave/sam2pairwise][sam2pairwise]] 非常相似，但输出格式更简单。
• 实现中的所有工作都由 [[https://docs.rs/bam/latest/bam/][BAM] crate] 完成。