fibertools-rs

fibertools-rs 是一个用于创建和交互 Fiber-seq BAM 文件的 CLI 工具。有关更多详细信息，请阅读 手册。

安装

fibertools-rs 通过 bioconda 提供，可以使用以下命令安装

mamba install -c conda-forge -c bioconda fibertools-rs

然而，由于 bioconda 的大小限制，此版本不支持包含 PyTorch 库或 GPU 加速进行 m6A 预测。m6A 预测在 bioconda 版本中仍将工作，但可能速度较慢。如果您想使用 m6A 预测和 GPU 加速，您将需要按照 INSTALL.md 文件中的说明进行安装。

用法

ft --help

fibertools 的帮助页面

fibertools-rs 的突出显示子命令

ft predict-m6a

使用 HiFi 动力学数据预测 m6A 位置，并将结果编码在 MM 和 ML bam 标签中。 predict-m6a 的帮助页面。

ft add-nucleosomes

将核小体添加到已包含 m6a 预测的 bam 文件中。注意，此过程在 predict-m6a 的后台也运行，因此除非您想尝试新的核小体调用参数，否则无需独立运行。 add-nucleosomes 的帮助页面。

ft extract

从 bam 文件中提取 Fiber-seq 数据到纯文本。 extract 的文档。

ft center

将 Fiber-seq 读取（bam）围绕参考位置（s）居中。 center 的文档。

ft footprint

围绕参考基序（s）打印 Fiber-seq 读取（bam）。 footprint 的文档。

Python API（《code>pyft）

Python API 仍在开发中且不稳定；然而，您可以在 py-ft 文件夹中找到当前代码的进度。更多信息请访问 readthedocs。

引用

贾，A.，博哈丘克，S. C.，毛，Y.，兰查利斯，J.，马洛里，B. J.，闵，A. T.，汉姆，M. O.，斯旺森，E.，杜博卡宁，D.，芬克比纳，C.，李，T.，惠廷顿，D.，诺布尔，W. S.，斯特加奇斯，A. B.，& 沃尔格尔，M. R。 (2024)。使用fibertools进行DNA-m6A调用和整合长读长表观遗传学和遗传分析。基因组研究。 https://doi.org/10.1101/gr.279095.124

贡献

如果您想为fibertools-rs做出贡献，请参阅CONTRIBUTING.md文件以获取更多信息。