罗塞拉

罗塞拉是一个使用 UMAP 和 HDBSCAN 的宏基因组分箱算法。它用 Rust 编写，包含一个处理对 UMAP 和 HDBSCAN 调用的 Python 组件。罗塞拉旨在尽可能用户友好，具有多种使用模式和安装方法。

请注意，罗塞拉正处于积极开发中，新提交的代码通常能提供大幅改进的结果。如果您想获取罗塞拉的最新版本，请从 dev 分支拉取代码。希望很快就会稳定发布。

快速安装

选项 1：Conda

建议您创建一个新环境，以确保 conda 可以正确处理罗塞拉依赖项。

conda create -n rosella -c bioconda rosella
conda activate rosella
rosella --version

选项 2：手动安装

在系统上安装 rust 和 cargo 后克隆仓库

cd rosella
cargo install --path .

创建 conda 环境

mamba env create -f rosella.yml -n rosella
mamba activate rosella
rosella --help

文档

请参阅 文档 了解安装和使用说明。