Efetch2jsonl

一个简单的解析器，可以将 efetch 的输出转换为更易解析的格式。

此工具是为从 SRA 生物样本的查询中转换而构建的，但由于其可配置性，它应该适用于更广泛的应用。

示例用例：您想获取单个生物项目的所有 SRA 运行的元数据

BIOPROJECT_ID=1081646
efetch -db bioproject -id $BIOPROJECT_ID -format xml | elink -db bioproject -target sra > bioproject_query.elink
cat bioproject_query.elink | efetch -mode xml -format xml > biosamples.out.xml
efetch2jsonl -i biosamples.out.xml -o biosamples.jsonl -k . -r EXPERIMENT_PACKAGE

可以使用类似 Polars 的工具轻松地对数据进行进一步处理，以生成干净的表格。