PDBget

从rcsb.org下载文件的命令行程序

安装

从源代码

git clone https://gitlab.com/philippe_noel/pdbget.git
cd pdbget
cargo install --path
pdbget --help

用法

Get Protein files 0.1.0
Philippe Noel
Download Protein files on rcsb.org

USAGE:
    pdbget [OPTIONS] <PDBs>...

FLAGS:
    -h, --help       Prints help information
    -V, --version    Prints version information

OPTIONS:
    -o <Output>         Output folder where to store files [default: ./]
    -t <UriType>        File type to download. 'PDB', 'CIF', 'FASTA' [default: PDB]

ARGS:
    <PDBs>...    PDB identifiers

使用 -t 选项，您可以指定输出文件格式。可能的格式包括

• 'pdb' : PDB 格式
• 'pdbgz' : PDB 文件的 GZ 压缩
• 'cif' : CIF 格式
• 'cifgz' : CIF 文件的 GZ 压缩
• 'fasta' : 蛋白质的 FASTA 序列
• 'xml' : XML 文件的 GZ 压缩（rcsb.org不提供未压缩的XML文件）