mni2mz3

将文件从MNI多边形表面网格格式（.obj）或逐顶点数据（例如曲率、皮质厚度，*.txt）转换为Surf-Ice MZ3 (.mz3)。用于使用Surf-Ice或NiiVue可视化表面。

[!WARNING] *不要与Wavefront .obj混淆，后者是不同的规范，但有相同的文件扩展名。

安装

安装和使用mni2mz3有多种方法。支持Linux、Mac和Windows。

使用ChRIS

运行mni2mz3的最简单方法是使用ChRIS，无需安装。只需将您的数据上传到https://app.chrisproject.org上的一个源，然后运行pl-mni2common。

使用Apptainer

pl-mni2common是ChRIS插件包装器，用于mni2mz3，这意味着您可以使用其容器镜像运行mni2mz3。

apptainer run docker://ghcr.io/fnndsc/pl-mni2common:latest mni2mz3 input.obj output.mz3

调用包装器脚本mni2mz3，然后在输入目录上进行批量处理。

apptainer run docker://ghcr.io/fnndsc/pl-mni2common:latest mni2mz3 inputdir/ outputdir/

使用cargo-binstall

cargo binstall mni2mz3

使用pip

pip install mni2mz3

手动下载

从GitHub发行版中选择并下载适用于您的架构和操作系统的正确二进制文件：https://github.com/FNNDSC/mni2mz3/releases/latest

从源码编译

安装Rust，然后运行

cargo install mni2mz3

用法

# convert mesh
mni2mz3 surface_81920.obj surface.mz3

# convert data
mni2mz3 thickness.txt thickness.mz3

要执行批量转换，请使用ChRIS插件包装器。

详细信息

• 输出文件将使用gzip进行压缩。
• 对于表面，仅支持三角形网格。
• 对于数据，仅支持32位单精度"float"。

测试

建议安装cargo-nextest。

cargo nextest run