Lib3dmol

Lib3dmol 是一个用 Rust 编写的库，用于读取和选择 PDB 格式蛋白质结构文件中的原子

用法

将以下内容添加到您的 Cargo.toml

[dependencies]
lib3dmol = "0.3.2"

以下是 tests/tests_file 中读取 PDB 文件的简单示例

use lib3dmol::parser;

fn main() {
    let my_structure = parser::read_pdb("tests/tests_file/f2.pdb", "Protein f2");

    println!(
        "Structure name: {}
Number of chain: {}
Number of residue: {}
Number of atom: {}",
        my_structure.name,
        my_structure.get_chain_number(),
        my_structure.get_residue_number(),
        my_structure.get_atom_number()
    );

    // Now we will extract the backbone

    let backbone = my_structure.select_atoms("backbone").unwrap();

    println!(
        "Number of chain: {}
Number of residue: {}
Number of atom: {}",
        backbone.get_chain_number(),
        backbone.get_residue_number(),
        backbone.get_atom_number()
    );
}

待办事项

• : PDB 写入器
• : 保存关于核酸/脂质/水分子的信息的结构
• : 更多选择原子的选项（α 碳，靠近另一个原子的原子，...）
• : 支持 PDBx/mmCIF 格式