#ora #cli #enrichment #gmt #containing #gsea #nta

app webgestalt

CLI 用于使用 ORA、GSEA 或 NTA 计算不同分析物的富集

4 个版本 (2 个重大更改)

0.3.1 2024年6月20日
0.3.0 2024年4月25日
0.2.0 2024年1月16日
0.1.1 2024年1月11日
0.1.0 2024年1月11日

#53生物学

每月下载量 47

MIT/Apache

1.5MB
1.5K SLoC

WebGestalt Rust

Rust

Rust 实现 WebGestaltR.

备注

此 CLI 专注于计算。 它不提供 GMT 文件或 HTML 报告。该工具的输出是包含结果的 JSON 文件。要获取功能更完整的工具,请参阅原始的 WebGestaltR 工具。

安装

需要 rust 工具链。然后在您的终端中运行以下命令

cargo install webgestalt

CLI

有关 CLI 的帮助,请运行

webgestalt --help

使用 kegg.gmt 运行过代表性分析示例,有趣的列表在 int.txt,参考为 ref.txt。输出 output.json JSON 文件

webgestalt ora -g kegg.gmt -i int.txt -r ref.txt -o output.json

依赖项

~10–19MB
~256K SLoC