webgestalt_lib

执行不同类型富集分析的库。作为 WebGestaltPy、WebGestaltR 以及此存储库中的纯 Rust CLI 的底层核心。

方法

支持的方法包括

• 过表示分析 (ORA)
• 基因集富集分析 (GSEA)
• 基于网络拓扑的分析 (NTA)

安装

要在您的 Rust 项目中使用 webgestalt_lib，请将以下行添加到您的 Cargo.toml。

webgestalt_lib = "0.3.0" # change to wanted version

如果您只想运行分析，而不是开发新工具，请使用 README 中提到的开始部分提到的任何包。

开发重点

1. 富集方法的快速和正确实现
2. 与 WebGestaltR 包的完全兼容性
   • R 包提供了最多的报告功能，该项目最初创建是为了仅帮助 R 包进行计算方面
3. 快速编译时间
   • 每个包安装都必须从头开始构建库，所以依赖项越少越好

此存储库不提供任何数据分析格式化或图表以显示分析结果。这项工作已经由 R 包 完成，Rust CLI 提供了有限的实现。此库的焦点完全是计算方面的。

许可

许可为以下之一

• Apache 许可证 2.0（《LICENSE-APACHE》或 http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0）
• MIT 许可证（《LICENSE-MIT》或 http://opensource.org/licenses/MIT）

任选其一。

贡献

除非您明确声明，否则根据Apache-2.0许可证定义的您有意提交以包含在工作中的任何贡献，应双许可如上所述，不附加任何额外条款或条件。