piscem-infer

什么是 piscem-infer？

piscem-infer 是一个工具，用于消费大规模 RAD 文件（由 piscem 或 piscem-cpp 生成）并从中产生针对已映射读数的目标的丰度估计。例如，一个基本的 RNA-seq 流程可以由使用 piscem 将读数映射到转录组，然后使用 piscem-infer 对转录丰度进行量化组成。同样，可以结合这两个工具在宏基因组索引和宏基因组测序读数上执行分类丰度估计。 piscem-infer 的主要目标是将统计推断算法和代码与执行索引和映射的代码分离。这允许更快、更敏捷地开发新的推断方法改进，同时减轻维护负担。

piscem-infer 程序是用 rust 编写的，这使得最终用户易于编译，也使得我们易于部署，而无需最终用户编译它（它易于创建静态链接、预编译的可执行文件，并将软件包放在 bioconda 上）。同时，这使我们能够访问 rust 的安全保证，使得代码在保持高性能、静态类型、编译语言的效率的同时更容易开发和维护。

尽管 piscem-infer 正在 积极开发，但它已经非常可用了！我们鼓励对它感兴趣的人尝试它，为任何问题或功能请求打开 Github 问题，并提供您希望看到（大规模测序）丰度估计工具下一个“演变”的反馈！