aa-regex

构建蛋白质序列正则表达式匹配的实用宏。

警告：正在进行中，非常实验性的库，这是我的第一个crate。

动机

我们可以使用正则表达式在肽序列上匹配基序，但编写它们有点繁琐。一些可能变得非常复杂，难以阅读和理解。这个crate试图提供宏，以帮助在编译时编写正则表达式。它使用过程宏生成字符串，可以使用20种氨基酸的简写字母表进行连接和作为正则表达式使用。现在任何残基都可以限制为任何有效的氨基酸，而不是 .（它会匹配任何有效的Unicode字符）或手动编写20种氨基酸和大括号。这会使正则表达式搜索更快吗？我不知道。

设置

将以下内容添加到您的 Cargo.toml

[dependencies]
aa-regex = "0.3"

用法

任何

use aa_regex::any;

let any = any!(); // => let any = "[ARNDCEQGHILKMFPSTWYV]";
assert_eq!(any, "[ARNDCEQGHILKMFPSTWYV]");

任何

use aa_regex::any_of;

let any_aromatics = any_of!(W, F, Y); // => let any_aromatics = "[WFY]";
assert_eq!(any_aromatics, "[WFY]");

除了

use aa_regex::except;

let no_proline = except!(P); // => let no_proline = "[ARNDCEQGHILKMFSTWYV]";
assert_eq!(no_proline, "[ARNDCEQGHILKMFSTWYV]");

别名

待办事项

• any_aromatics!()
• except_aromatics!()
• except_proline!()
• any_charged!()
• ...

连接

您可以使用 std::concat! 宏来组装正则表达式。

let motif = concat!(any_of!(R, H, K), except!(P)); // => let motif = "[RHK][ARNDCEQGHILKMFSTWYV]";
assert_eq!(motif, "[RHK][ARNDCEQGHILKMFSTWYV]")

想法 & 错误

请在项目仓库上创建一个新的问题。

许可证

Aa-regex在Apache许可证（版本2.0）的条款下分发。有关详细信息，请参阅LICENSE。