MIBiG 分类处理

MIBiG 的 NCBI taxdump 处理

此包旨在帮助 MIBiG 数据库使用 NCBI taxdump 数据 来处理 NCBI taxid 查找。

该包包含一个 Rust 库以及一个命令行工具 mibig-taxa，用于管理基于 JSON 的本地缓存，以便批量数据库导入，与直接从 taxdump 文件解析相比，可以提高速度。

安装

cargo install mibig-taxa

用法

要使用它，获取 最新的 taxdump 收集 并提取它。你还需要一个 MIBiG BGC 条目 JSON 文件的目录。

然后，你可以像下面这样运行命令行工具

mibig-taxa init --cache mibig_cache.json --datadir path/to/mibig/jsons/ --mergeddump path/to/merged.dmp --taxdump path/to/rankedlineage.dmp

来初始化缓存，

mibig-taxa list --cache mibig_cache.json

并使用

列出提供的缓存内容。

有关使用库的信息，请参阅 API 文档。

许可证

Apache License，版本 2.0 (LICENSE 或 https://apache.ac.cn/licenses/LICENSE-2.0)

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