Lib.rs

使用基于收集 Varlociraptor 证据的贝叶斯模型进行不确定性感知的单倍型量化。

Orthanq 正在积极开发中。

安装

Orthanq 可作为 Bioconda 软件包使用，可以通过以下方式安装：

mamba install orthanq

单倍型量化 & HLA 分型

文档： https://orthanq.github.io/docs/index.html

为开发和手动安装构建

构建 Orthanq 最简单的方法是通过 Conda/Mamba。首先，创建此存储库中提供的 environment.yml 环境文件。

mamba env create -n orthanq-dev -f environment.yml

然后，使用以下命令激活环境：

mamba activate orthanq-dev

接着，通过以下命令构建 Orthanq：

HDF5_DIR=$CONDA_PREFIX RUSTFLAGS='-L $CONDA_PREFIX/include' cargo build

第四步，设置 conda 库位置：

export LD_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib

最后，可以通过以下方式构建 Orthanq：

cargo build    

或

cargo build --release