Omictools

常量数据

为了便于维护，一些具有多个属性（如元素和氨基酸）的复杂数据类型以CSV文件的形式提供，并在构建时编译（见：build.rs）

• 氨基酸数据来源于：https://proteomicsresource.washington.edu/protocols06/masses.php
• 元素数据来源于：https://proteomicsresource.washington.edu/protocols06/masses.php
• 亚原子粒子数据来源于en.wikipedia.org/wiki/(Proton|Electron|Neutron)（需要更好的来源）
• Krokin/Wilkins保留系数：https://doi.org/10.1074/mcp.M400031-MCP200

具有一个或两个属性的数据直接添加到代码中

• 氨基酸疏水性_kd

  Kyte, J.; Doolittle, R. F.. 一种显示蛋白质疏水特性的简单方法。分子生物学杂志 1982, 157 (1), 105-32. https://doi.org/10.1016/0022-2836(82)90515-0.

安装

cargo添加 dihardts_omicstools

开发

依赖项

• Rust
• OpenSSL (Ubuntu: libssl-dev)

单元测试

• 为了测试分类读取器，需要taxdmp.zip。测试可以自行下载并将其保存到临时文件夹中，但如果您计划进行大量测试，则可以一次性下载并设置环境变量TAXDMP_ZIP_PATH，其中包含文件的路径。