README

Rust 版本的 bustools 命令行界面。目前，它还远未完善和正确，而是一个学习 Rust 的项目。

该项目大量基于 rustbustools 构建，它处理与 bus 文件的所有基本交互。

示例

# sorting
rustbustools --output /tmp/sorted.bus sort --ifile /tmp/unsorted.bus

# correcting CBs
rustbustools --output /tmp/corrected.bus sort --ifile /tmp/sorted.bus --whitelist /tmp/10x_whitelist.txt

# inspecting
rustbustools --output /dev/null --ifile /tmp/sorted.bus

# count
rustbustools --output /tmp/count_folder --ifile /tmp/sorted.bus --t2g /tmp/transcripts_to_gene.txt

# compression
# -N is the chunksize of a busz block
rustbustools --output /tmp/compressed.busz -i /tmp/sorted.bus -N 10000

# decompression
rustbustools --output /tmp/plain.bus -i /tmp/compressed.busz

待办事项 08/05

• 性能检查
  • 排序：似乎比较慢
  • 修正：由于 BKTree 导致一些性能问题
  • 计数：比原始 bustools 稍慢，但基本在同一水平
  • 检查：已经很快了
  • 蝴蝶扩增：已经很快了
• 处理压缩的 bus 文件
• 使 CLI 参数与原始 bustools 兼容/一致