#rna #bioinformatics #secondary-structure

bin+lib phylofold

PhyloFold 程序,预测同源物之间 RNA 单次级结构以纳入系统发育

3 个版本

使用旧的 Rust 2015

0.1.2 2020 年 3 月 10 日
0.1.1 2020 年 3 月 9 日
0.1.0 2020 年 3 月 4 日

#7#secondary-structure


phyloalifold 中使用

MIT 许可证

150KB
727

PhyloFold 程序,预测同源物之间 RNA 单次级结构以纳入系统发育

安装

此项目主要使用 Rust 编写,一种系统编程语言。因此,首先您需要安装 Rust 编译器、包管理器和标准库。访问 Rust 网站 了解有关该语言的更多信息。您可以使用以下一行命令安装这三个组件

$ curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh

上述安装是通过 Rustup 完成的,因此您可以轻松地切换编译器进行使用。现在您可以使用以下方式安装 PhyloFold 程序

$ cargo install phylofold

按照以下方式检查此程序是否已正确安装

$ phylofold # Its available command options will be displayed.

测试后,可以在 PhyloFold 程序的论文中重现所显示的图

$ cd src
$ ./run_all.py # Install python packages required to the reproduction. Saved figures will appear at the "../assets/images" directory.

作者

Heartsh

许可证

版权 (c) 2018 Heartsh
根据 MIT 许可证 许可。

依赖项

~61MB
~1.5M SLoC