gxf2chrom

从 GTF/GFF 文件中的 .chrom 获取所有内容。

将 GTF/GFF 文件转换为

ENSP00000501388.1       chr1    -       19417068        19485438
ENSP00000438792.1       chr11   -       72754899        72781181
ENSP00000224756.8       chr10   +       84371052        84513540
ENSP00000415935.1       chr2    +       215312481       215349652

不同物种的一些统计数据

• Homo sapiens GRCh38 GENCODE 44（252,835 个转录本）在 1.84 秒内。
• Mus musculus GRCm39 GENCODE 44（149,547 个转录本）在 1.02 秒内。
• Canis lupus familiaris ROS_Cfam_1.0 Ensembl 110（55,335 个转录本）在 0.57 秒内。
• Gallus galus bGalGal1 Ensembl 110（72,689 个转录本）在 0.62 秒内。

用法

Usage: gxf2chrom [OPTIONS] --input <GXF> --output <CHROM>
 
Arguments:
    --input/-i <GXF>: a .gtf/gff/*.gz file
    --output/-o <CHROM>: path to output .chrom file

Options:
    --help/-h: print help
    --version/-v: print version
    --feature/-f: feature to extract [default: protein_id]
    --threads/-t: number of threads [default: max ncpus]

安装

要在您的系统上安装 gxf2chrom，请按照以下步骤操作

1. 获取 rust: 在 Unix 上运行 curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh，或前往 此处 了解其他选项
2. 运行 cargo install gxf2chrom（确保在运行之前 ~/.cargo/bin 在您的 $PATH 中）
3. 使用 gxf2chrom 与所需的参数
4. 享受吧！

构建

要从此仓库构建 gxf2chrom，请执行以下操作

1. 获取 rust（如上所述）
2. 运行 git clone https://github.com/alejandrogzi/gxf2chrom.git && cd gxf2chrom
3. 运行 cargo run --release -- -i <GXF> -o <CHROM> [OPTIONS]