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bin+lib prll-ri

Parallel-RI,并行可执行二进制文件,用于包装 RIblast

5 个稳定版本

使用旧 Rust 2015

1.0.6 2016年9月30日
1.0.4 2016年9月26日
1.0.3 2016年9月25日
1.0.2 2016年9月24日

#25 in #rna

MIT 许可证

110KB
2.5K SLoC

C++ 2K SLoC // 0.1% comments C 452 SLoC // 0.1% comments Rust 236 SLoC

Parallel-RI,并行可执行二进制文件,用于包装 RIblast

此二进制文件提供了对 RIblast 的 CPU 多线程包装。除了 RIblast 的原始选项外,您还可以传递额外的选项,例如线程数和 RIblast 的路径。请注意,RIblast 的 IO 选项已更改为新选项。您可以通过添加选项“-h”来检查所有可用选项。

安装

该项目是用 Rust 编写的,Rust 是一种系统编程语言。因此,您首先需要安装 Rust 编译器(Rustc)、Rust 软件包管理器(Cargo)和 Rust 标准库。请访问 Rust 主页 了解更多关于 Rust 的信息。您可以使用以下一行命令安装 Rustc、Cargo 和 Rust 标准库

$ curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh -s -- --default-toolchain nightly

上述安装是通过 Rustup 完成的,因此您可以轻松切换编译器以使用它。夜间编译器允许在 Rust 上进行测试和基准测试。如果您不需要它们,可以切换到稳定版本,如下所示

$ rustup default stable

因此,您可以通过以下方式安装 Parallel-RI

$ cargo install --git https://github.com/heartsh/prll-ri

如下检查 Parallel-RI 是否已正确安装

$ prll-ri

如果您想了解 Parallel-RI 的速度有多快,请运行以下基准测试

$ git clone https://github.com/heartsh/prll-ri && cd prll-ri
$ cargo test -- --nocapture

如果您使用性能较低的磁盘,例如 HDD,请考虑安装此存储库的 RIblast 改进的 IO 性能版本。

作者

Heartsh

许可证

版权 (c) 2016 Heartsh
MIT 许可证 下许可。

依赖项

~7MB
~118K SLoC